Data la sua posizione geografica, che favoriva la pesca e il commercio marittimo, e le sue condizioni climatiche, che favorivano l'agricoltura e la pastorizia non c’è da meravigliarsi se i primi insediamenti umani nella zona di Vieste risalgono al neolitico. Insediamenti testimoniati dal ritrovamento delle necropoli e di tantissimi altri reperti storici, tra i quali antichi villaggi di Vieste. Ma il punto più difficile per gli storici è quello che riguarda l'origine della città. Una favolosa storia vuole che Noè finito il diluvio e posatasi l'arca sul monte Ararat decise di passare il resto della sua vita sulle coste del Gargano. Qui vi trovò la morte sua moglie Vesta e Noè fondò la città imponendole il nome della moglie.

A darci un aiuto più concreto è un accenno di Tolomeo del II sec. A.C. che identifica questa zona con il nome di Apeneste. Anticamente abitata dai greci il nome Apeneste significa isolato-rifugio. Infatti, i greci, che qui' trascorrevano lunghi inverni isolati e lontani dalle proprie famiglie e dalle proprie terre consideravano questo posto come un rifugio temporaneo. E proprio questa nostalgia della famiglia portò i greci a stringersi molto alla loro dea del focolare domestico "Estia". Il culto della dea si diffuse molto tra le popolazioni locali, e più in là anche i romani cominciarono a venerarla denominandola Veste e chiamando questa zona Vesta, e da qui il nome Vieste.

Qui vi trovò la morte sua moglie Vesta e Noè fondò la città imponendole il nome della moglie

Ma negli ultimi anni si è arrivati a identificare Vieste come l'antica Uria. Infatti, gli storici, che prima collocavano questa città in altri paesi del Gargano, grazie al ritrovamento di alcuni reperti storici, tra cui delle monete, e a un gran numero di iscrizioni ritrovate in una grotta sull'isolotto di Santa Eufemia, che documenta il culto per la Venere Sosandra, del cui culto ad Uria ci parla Catullo nel carme 36, oggi individuano in Vieste l'antica Uria. Con questo grosso punto interrogativo sulle origini di Vieste l'unica cosa certa che si può dire della sua antichità, è che attorno a lei vi erano altri insediamenti umani, come la città di Merino, dediti all'agricoltura ed alla pastorizia, e che Vieste doveva avere una certa importanza visto il ritrovamento di una delle più grandi miniere di selce d'Europa, e data la sua posizione sul mare che rendeva facile il controllo lungo tutto l'Adriatico.

Proprio per la sua posizione sul Gargano, Vieste nel Medioevo fu più volte contesa tra Bizantini, Normanni, Longobardi, Veneziani ed Arabi, che sfruttarono questa posizione soprattutto dal punto di vista militare. Sino a quando fu sotto il dominio Bizantino, Vieste poté' prosperare grazie al governo di Costantinopoli che garantiva la sicurezza delle rotte e dei traffici marittimi. Ma l'ascesa dei barbari dal nord, e le continue incursioni degli Arabi dal sud, trasformarono questa zona in un teatro di scontri militari per garantirsi il controllo di Vieste, dato che chi controllava Vieste poteva controllare tutto il traffico di merci lungo l'Adriatico, sia da nord sia da sud.

Proprio per la sua posizione sul Gargano, Vieste nel Medioevo fu più volte contesa

Intorno all'anno mille Vieste fu sotto il dominio Normanno; sotto il loro dominio furono costruiti il castello e la cattedrale, che vennero seriamente danneggiati in seguito a un incursione dei veneziani. Furono ricostruiti quasi immediatamente da Federico II di Svevia, che molto a cuore aveva questa città, rinforzando tantissimo le difese del castello e rendendolo una fortezza inespugnabile. La storia vuole anche che nel 1002 vi approdò il doge di Venezia che andava in soccorso a Bari occupata dai saraceni, e che vi soggiornò un mese anche il papa Alessandro III prima di imbarcarsi per andare a firmare la pace con Federico Barbarossa. Vi fu anche catturato Celestino V che dopo aver rinunciato al papato cercava di fuggire verso l'Illiria.

Altri avvenimenti frequenti e molto sgradevoli erano le invasioni dei pirati che causavano gravi danni alla città. Tra queste la più violenta fu quella del 1554 del pirata Dragut. Fece prigionieri i cittadini più forti, e sopra una pietra oggi chiamata Chianca Amara (Pietra amara), vi uccise più di 5000 viestani tra vecchi, donne e bambini. Dopo l'invasione di Dragut, per prevenire queste spiacevoli visite, Vieste fu dotata delle torri costiere. Erano queste robuste costruzioni di difficile accesso per i pirati, sistemate lungo la costa sulle punte più sporgenti, in modo tale che l'una potesse vedere l'altra. In caso di avvistamenti, dei militari posti sulle torri, comunicavano con segnali visivi alle altre torri la presenza di imbarcazioni sospette.

Federico II di Svevia, che molto a cuore aveva questa città

Per quanto riguarda l’età risorgimentale, anche Vieste diede il suo contributo per l'unita d'Italia. Contributo macchiato del sangue di moltissimi cittadini che da una parte credevano fermamente nell'unita d'Italia, e dall'altra rimanevano fedeli al regno borbonico. Si formarono società segrete che cospiravano contro i Borboni, e ad accrescere gli entusiasmi di coloro che ne facevano parte, vi erano le continue notizie che da Napoli portavano gli studenti e i professionisti. I Borboni si sentivano sempre più minacciati dalla crescita fervente di chi credeva nell’unità, e cominciarono a perseguitare, uccidere e condannare al carcere duro i sostenitori del re Vittorio Emanuele. Il Piemonte, riuscendo ad ottenere l'annessione della Lombardia prima, della Toscana e dell'Emilia Romagna poi, fece accrescere il malcontento nel Regno delle Due Sicilie contro il re Francesco II.

Malcontento che fu ferocemente represso dal re borbonico. Vittorio Emanuele approfittando della situazione decise di liberare il Regno delle Due Sicilie. Una spedizione di 1000 uomini comandata da Garibaldi, partì da Quarto il 5 maggio del 1860, ed entrò in Napoli il 7 settembre liberandola dai Borboni. Il 21 ottobre successivo furono svolte le votazioni per annettere il Regno delle Due Sicilie all'Italia. Fu in seguito a queste votazioni che a Vieste e in tutti i paesi circostanti successero tantissimi fatti di sangue. Queste zone d'Italia erano molto legate al regno borbonico, e da qui ne scaturirono tantissimi scontri con le truppe del regno italico. In solo due anni, tra il 1861 ed il 1863, si contarono più di 400 filoborbonici uccisi o morti durante gli scontri. Proprio in Vieste, il 27 luglio del 1861, vi fu un cruento scontro tra una spedizione di filoborbonici e i cittadini impegnati a realizzare l’unità d'Italia, che provocò la morte di molti cittadini onesti.